代谢组学FAQ汇总

• • 什么是基峰图（BPC）和总离子流图（TIC）？

  基峰图BPC（Base Peak Chromatogram）是取每个时间点质谱图中最强离子的强度值连续描绘得到的图谱；总离子流图TIC（Total Ion Chromatography）是在质谱设定的质量范围内所有离子强度的总和对时间或扫描次数所作的谱图。相关服务:代谢组学生物信息学分析

• • 什么是VIP？

  VIP(VariableImportance inProjection)即变量重要性投影,通过OPLS-DA分析,每个代谢物可以得出一个VIP值，VIP值越大,代表该物质对于区分两组所具有的贡献越大。相关服务:PLS-DA/OPLS-DA二维图

• • 非靶向代谢组学的PLS-DA和OPLS-DA分析的不同点是什么？

  OPLS-DA（Orthogonal Partial Least Squares-Discriminant Analysis）正交偏最小二乘判别在PLS-DA（Partial Least Squares-Discriminant Analysis）偏最小二乘判别的基础上进行了正交变换的矫正，

• • 代谢组学能检测到的物质含量的下限是多少？

  由于物质本身的化学性质和不同检测平台的灵敏度不同，因此 ，可能浓度相同的同一物质，一种平台能检测出来，而另一种平台检测不到；或者含量相同的不同物质用同样灵敏度的仪器，一个能检测出来，而另一个检测不出来。相关服务:代谢组学

• • 质谱时如何选择正负模式？

  根据化合物的性质来决定，碱性化合物易带正电荷，适合选择正离子模式，可以观察到不同的分子离子；酸性化合物易带负电，选择负离子模式能观察到更多的分子离子。相关服务:代谢组学

• • 如何筛选差异代谢物？

  一般同时利用单变量统计和多元变量统计模型的阈值进行差异代谢物的筛选，常用的单变量统计T检验的阈值是P1。相关服务:差异代谢产物聚类分析

• • 利用常用的阈值（VIP＞1和P＜0.05）筛选到差异代谢物，该怎么办？

  这种情况可以考虑提高阈值，比如VIP＞1.5，或P＜0.01。或者试试对检测到的物质进行GO/KEGG通路富集分析。相关服务:PLS-DA/OPLS-DA二维图

• • PCA和OPLS-DA模型中，偏离95%置信区间的样本数据需要剔除吗

  如果是生物学重复里出现一两个偏离置信区间的样本，可以不删除，因为生物学重复本来就是为了减少误差。相关服务:PLS-DA/OPLS-DA二维图

• • PLS-DA模型交叉验证得到的Q2<0.5,该模型还能用吗？

  没有要求说Q2值小于0.5模型就不可用，只是一般认为Q2值越接近1模型预测性就越好，若Q2值小于0.5，说明可信度不高，预测的结果没那么准确。相关服务:PLS-DA/OPLS-DA二维图

• • 如何验证差异代谢物的功能？

  对找到的差异代谢物进行前期的代谢通路分析，明确其属于哪条调控通路，并对该通路上的其他分子进行功能验证。此外，还可以利用转录组和蛋白组等其他组学研究进行相互补充。相关服务:KEGG差异代谢产物通路分析