无标记（label-free）定量是否可行？

这是一个棘手的问题。质谱不是一种本质上的定量方法，且很难预测分析物与仪器中信号强度之间的关系。在将一组肽离子引入仪器时，这显而易见。例如，在 MALDI-TOF 上，已知赖氨酸终止的肽比精氨酸终止的肽发出的信号要弱得多（这个问题有办法解决）。当将复杂的肽混合物电喷射到仪器的源中时，一些肽会发出非常强的信号，而另一些则可能非常微弱。似乎无标签方法的主要优势在于比较（相对），我们提供基于Label Free的定量蛋白组分析服务，对不同样品中的蛋白质进行相对定量。

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