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未知蛋白的互作预测主要通过质谱检测和基于计算机生物信息学方法进行预测，首先将未知蛋白经过蛋白免疫印迹（Western blot）、免疫共沉淀（Co-IP）、SDS-PAGE等方法进行分离纯化，之后进入质谱检测获得未知蛋白氨基酸序列信息。将未知蛋白氨基酸序列输入数据库预测互作蛋白，利用计算机生
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TMT技术是采用同位素试剂标记的方法，使用同位素标签标记蛋白酶解后产生的多肽，之后通过串联质谱检测，针对两个或多个蛋白样本展开相对定量分析。其中，TMT同位素标签化学结构由质量报告基团（Mass Reporter）、氨基反应基团（Amine-reactive Group）和质量平衡基团（Ma
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蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）几乎参与所有的的生物学过程，研究PPI是解析相互作用蛋白的作用机制及其生理功能的基础，互作蛋白组也是目前蛋白质组学研究的重要内容。目前为止，基于质谱（MS）技术的互作蛋白组分析已经成为鉴定PPI的重要技术，其中以亲和纯化结合质谱分析（AP-MS）是目前应用最广
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TMT（Tandem Mass Tag）是一种由美国Thermo公司开发的多肽体外标记技术，其常用于差异蛋白研究以及蛋白相对含量测定。TMT蛋白质组是一种使用TMT标签对样品蛋白进行标记并混样上机的一种蛋白质组检测方法，一次性最多能实现对16个样本的检测。TMT蛋白质组学是采用体外标记的方法
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蛋白质交联是一种结合使用特定的蛋白交联剂和质谱（MS）检测来揭示蛋白质和相互作用蛋白质复合物的结构特征的方法，该方法促进了蛋白相互作用分析中已建立方法和生物信息学工具的发展。蛋白交联度是指蛋白交联后相邻两个交联点的平均相对分子质量，蛋白交联度是表征蛋白交联程度的关键指标，可采用溶胀平衡法和动
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交联是由两个或多个分子通过共价键化学耦联的过程，交联剂是由连接臂和两个对特定氨基酸侧链具有反应性末端的官能团组成。蛋白质分子内交联是指蛋白质内的两个及以上肽链之间通过共价键连接的过程，蛋白质分子内交联连接可通过添加小分子交联剂进行共价耦联来实现。进行分子内交联后的蛋白分子进行蛋白酶水解后，可
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肽质谱分析原理是基于鸟枪法（Shot-gun）：将蛋白肽段酶切为小分子肽段混合物，经高效液相色谱（HPLC）分离纯化后导入高分辨率质谱仪分析。肽段在质谱仪中经离子化后将会带上一定量的电荷，通过检测器分析即可获得肽段的质荷比（m/z），进而计算肽段的相对分子质量。
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可通过肽指纹图谱或串联质谱法进行肽段鉴定，该方法通过蛋白酶将肽段酶切为小分子肽段混合物，再通过质谱检测分析获得小分子肽段的氨基酸序列即可实现肽段鉴定。肽段鉴定需要进行两个层级的质谱检测分析，肽段混合物通过一级质谱选取丰度高的肽段分子进入二级质谱；在二级质谱中肽段相互相互碰撞导致氨基酸键断裂，
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多肽多为手性分析，主要采用圆二色谱（circular Dichroism spectra，CD）研究多肽的立体形态结构、反应动力学及其在溶液中的构象变化等，通过圆二色谱扫描，可在一定程度上分析多肽样品的二级结构和高级结构。
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TMT（Tandem Mass Tag）是由美国Thermo公司研发的一种多肽体外标记技术，其常用于测定样品中蛋白的相对含量。TMT标签由报告极端、平衡基团和反应基团三个部分组成，其相对定量策略：TMT标签通过反应基团高效的标记酶解后的蛋白肽段；平衡基团在一级质谱检测中使TMT标签标记的不同
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