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膜蛋白（Membrane proteins）约占细胞蛋白质组的30%，却承担了超过60%的药物靶点功能。无论是G蛋白偶联受体（GPCRs）、离子通道，还是受体酪氨酸激酶，它们几乎都归属于膜蛋白家族。然而，在蛋白组学研究中，膜蛋白却一直是最难“攻克”的堡垒之一。 这类蛋白往往： 含有高度疏
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酰基化组学（Acylation Proteomics）作为表观遗传学和蛋白质翻译后修饰（PTM）研究的重要组成部分，随着质谱技术的快速发展，酰基化组学研究得以实现对蛋白质上多种酰基修饰的系统性分析，包括乙酰化（Acetylation）、丙酰化（Propionylation）、丁酰化（Buty
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蛋白磷酸化是最关键的翻译后修饰之一，广泛参与细胞信号转导、代谢调控、细胞周期等生物过程。随着质谱技术的发展，磷酸化蛋白质组学已成为研究信号通路动态调控机制的重要手段。然而，磷酸化修饰本身的低丰度、不稳定性以及富集效率差等问题，仍然为实验带来诸多挑战。 一、磷酸化蛋白样本准备中的常见问题 1
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Shotgun蛋白质鉴定主要通过底物消化（如胰蛋白酶）将复杂的蛋白质样本裂解为肽段，然后利用液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）进行分析，再通过数据库搜索来推测原始蛋白的组成。这种方法得名于其“霰弹枪式”的分析策略——不是逐个靶向蛋白，而是“盲打”所有可能存在的蛋白质。该技术摒弃了传统的逐个
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• 如何进行Shotgun蛋白组学样本前处理与酶切策略优化？
在Shotgun蛋白组学中，虽然质谱仪性能至关重要，但前端样本处理与蛋白酶解策略往往才是决定实验质量的第一道关卡。尤其是在面对复杂、生物学异质性强的样本类型（如组织、体液、临床样本）时，样本前处理策略是否得当，直接影响蛋白提取效率、肽段覆盖度及最终蛋白鉴定数量。 一、样本前处理 1、样本裂
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Shotgun蛋白组学中，液相色谱-质谱（LC-MS/MS）获取的大量MS/MS谱图仅是原始数据。如何从中精确识别蛋白质、实现准确定量，并进行深入的功能注释与通路挖掘，完全依赖于科学严谨的数据分析流程。为此，研究人员需借助一系列专业的生物信息学工具与软件平台，覆盖从数据库搜索、定量分析、差异
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Shotgun蛋白组学实验中，质谱仪获取的仅是肽段碎片的m/z信号，这些数据本身无法直接告诉我们样本中有哪些蛋白质。真正实现蛋白鉴定的关键步骤是Shotgun蛋白组数据库搜索，即通过算法将质谱谱图与理论肽段进行比对，从而反推出原始蛋白组成。然而，数据库匹配并非“绝对正确”，由于谱图复杂性、测
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免疫肽组（Immunopeptidomics）是指从MHC（主要组织相容性复合体）分子上解析出的肽段组成的集合，揭示了细胞如何将内源性或外源性蛋白片段呈递给免疫系统。该领域正快速发展，成为癌症新抗原发现、T细胞免疫治疗设计和个体化疫苗研发的关键技术支撑。 然而，免疫肽组学的研究仍面临两大挑战
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在癌症免疫治疗时代，新抗原（Neoantigen）的发现被认为是个体化癌症疫苗设计和T细胞免疫治疗的关键突破口。新抗原通常来源于肿瘤细胞中的非同义突变，其产物可以通过抗原加工通路被呈递至细胞表面的MHC分子，进而被T细胞识别。然而，新抗原的识别并不简单。由于每个患者的HLA背景、突变谱以及抗
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在精准医学时代，如何理解免疫系统“看到”什么，反应“怎么触发”，已成为免疫治疗和疫苗设计中的核心科学问题。免疫肽组学（immunopeptidomics），正是解码这一问题的关键工具。它通过质谱技术直接捕获并鉴定呈递于HLA分子上的肽段，从而勾勒出一幅“免疫识别图谱”。近年来，伴随大数据分析
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