质谱结果回来后怎么分析，怎么找到互作蛋白
- 质量校准：根据已知标准对质谱数据进行质量校准，确保测量准确。
- 峰检测：识别和整合质谱图中的离子峰，为蛋白质/肽段鉴定做准备。
- 数据库搜索：使用诸如Mascot、SEQUEST或MaxQuant等软件，将实验中得到的肽段质谱数据与蛋白质数据库进行匹配，以鉴定样品中的蛋白质。
- 假阳性率控制：应用统计方法（例如FDR, False Discovery Rate）来控制假阳性鉴定。
- 标记或非标记方法：根据实验设计（如标记（如iTRAQ、TMT）或非标记（如标签自由））进行定量分析。
- 数据归一化：调整实验间变异，确保数据可比性。
质谱数据通常包括数据预处理、蛋白质鉴定、定量分析：
1. 数据预处理
2. 蛋白质鉴定
3. 定量分析
质谱不能直接用于寻找与目标蛋白相互作用的蛋白质，如果是先进行了IP、Co-IP、WB等实验，再利用质谱鉴定蛋白混合的话，那么鉴定到的蛋白就是与靶蛋白共同沉淀的蛋白质了。
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