做蛋白KEGG通路注释及富集分析是挑自己需要的通路列出还是根据P值大小列出？
在进行蛋白质KEGG通路注释和富集分析时，您可以根据两种主要的标准来选择列出的通路：
1.基于P值的选择：
这是最常用的方法。在这种情况下，您可以根据统计显著性（通常是P值）来选择通路。P值较小的通路通常被认为在统计上更显著，意味着您的数据集与这些通路有更强的相关性。选择P值低于特定阈值（例如0.05或0.01）的通路进行报告和讨论是常见做法。
2.基于特定生物学需求的选择：
在某些情况下，您可能对特定的生物学过程或通路特别感兴趣，无论它们的P值如何。例如，如果您的研究专注于特定的疾病或生物学过程，即使这些通路的P值不是最低的，您也可能更愿意关注与这些过程相关的通路。
通常，最好结合这两种标准进行选择。首先，使用P值来识别统计上显著的通路，然后在这些通路中进一步探索与您研究最相关的通路。此外，考虑到假阳性的可能性，进行多重检验校正（例如，使用FDR）来调整P值也是一个好主意。
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