蛋白质序列分析流程

蛋白质序列分析是基于质谱或非质谱检测法对蛋白一级结构进行检测与分析，其检测流程是通过从蛋白样品中提取、富集到目标蛋白，之后使用特异性蛋白酶酶切，得到的混合肽段进入色谱分离和质谱检测分析。通常使用LC-MS/MS的方法检测获得肽段碎片的二级质谱图，解析谱图即可获得蛋白肽段的氨基酸残基信息，再使用测序软件根据质谱数据对肽段碎片序列进行分析，将肽段碎片进行拼接即可获得完整的蛋白氨基酸序列。

获得的蛋白氨基酸序列可进行一级或高级结构分析，同时结合其他数据库（如PDB、GenBank、SWISS-PROT等）进行蛋白结构预测和结构同源性比较。对于没有序列数据的未知蛋白的序列分析，可使用从头测序策略分析串联质谱（MS/MS）获取肽段的氨基酸序列，之后根据相关算法和计算机软件分析蛋白肽段序列并对其空间结构进行预测。

百泰派克使用Thermo公司推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪提供蛋白测序服务，该服务可对蛋白样品的序列分析。Obitrap Fusion Lumos质谱仪是现在分辨率和灵敏度最高的质谱仪，保证了低丰度肽段碎裂片段鉴定的灵敏度；同时在肽段碎裂过程中采取HCD与ETD结合的模式，保证肽段碎裂片段的完整性。可以实现蛋白样品的N端，C端序列分析以及蛋白全长序列分析。