多组学分析FAQ汇总
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• 做完转录组测序后，只做了差异基因分析，不做KEGG与GO分析，该如何进行后续？
当做完转录组测序后，只进行了差异基因分析而没有进行KEGG与GO分析，可以考虑以下几个后续步骤： 1.确定差异基因的生物学意义： 首先，需要对差异基因进行生物学意义的解读。通过查阅相关文献和数据库，了解这些差异基因在生物学过程中的功能和调控作用。这可以帮助我们理解差异基因的潜在生物学意义，
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• 请问宏转录组的差异表达基因分析和差异表达通路分析如何进行？
进行宏转录组的差异表达基因分析和差异表达通路分析时，可以按照以下步骤进行： 1.数据预处理： 对原始测序数据进行质量控制，包括去除低质量的reads和去除接头序列等。 使用比对工具将清洗后的reads比对到参考基因组或转录组上，得到比对结果。 2.差异表达基因分析： 使用比对结果计
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常规样本（如新鲜冻存的组织或细胞）和石蜡包埋样本（如福尔马林固定石蜡包埋，FFPE）的全转录组测序确实在数据质量上可能存在差异。这些差异主要是由样本处理、保存方法以及RNA的提取和质量等因素造成的。 一、RNA的完整性： 1.常规样本： 通常来自新鲜或快速冻结的组织，其中的RNA更完整，
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植物样本在经过冰冻切片处理后理论上仍然可以提取RNA进行转录组测序，但确实存在一些额外的挑战和限制。以下是在这种情况下需要特别注意的关键点： 1.RNA降解： 冰冻切片过程可能会对组织造成一定的应激，这可能激活某些RNases，导致RNA降解。此外，如果切片在切割后未能立即适当存储（例如，
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在转录组测序中，“reads”是一个非常基本的术语，指的是通过测序平台从DNA或RNA样本中获得的短序列片段。 当你对一个样本（如转录组，即所有RNA的集合）进行测序时，现代的测序技术并不是读取整个单一的长DNA或RNA分子。相反，它们通过一系列复杂的步骤破碎原始的生物分子，并从这些较小的
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• 扩增子测序中16S、18S和ITS的区别及应用范围是什么？
16S和18S是指细菌和真核生物的小亚基核糖体RNA基因，它们在细胞中起到编码蛋白质的功能。ITS是指内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer），是真菌和其他真核生物的核糖体RNA基因中的非编码区域。 一、16S、18S和ITS的区别是什么？ 1.16S和18
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• 若关注环境中的真核微生物多样性，18S测序和ITS测序哪个更好？
在选择18S测序还是ITS测序时，需要考虑以下因素： 如果研究目标是对广泛的真核微生物群进行较高阶元的多样性和丰度评估，18S rRNA基因测序可能更适合。 如果目标是详细研究特定群体（如真菌）在物种或株级别的多样性和鉴定，那么ITS测序可能更有优势。 百泰派克生物科技--生物制品表征
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ITS是真菌基因组中的一个高变区域，位于真核生物的核糖体基因组中的18S-5.8S-28S rRNA基因间区域。ITS序列通常包括ITS1和ITS2两个子区域，它们之间由5.8S rRNA序列连接。 18S rRNA是真菌核糖体基因组中的一个保守区域，它在真核生物中广泛存在，用于构建系统发
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• 土壤微生物群落怎样看菌群差异（比如说某种菌群消失或者新增）用哪种方法看，比较？
研究土壤微生物群落的差异可以采用多种方法，包括高通量测序技术、生物芯片技术、实时荧光定量PCR、培养和鉴定以及功能基因组学等。 如果您的目标是全面了解土壤微生物群落的变化，包括菌群的消失或新增，并且您希望获取尽可能多的信息，我建议使用“宏基因组测序（Metagenomics）”。因为宏基因
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扩增子测序是用于研究微生物群落的组成和多样性的一种常用方法，它通过扩增和测序特定的基因片段（如16S rRNA基因或ITS区域），来鉴定和分类微生物。 扩增子测序的鉴定和分类依赖于已有的数据库，其中包含了大量已知的微生物序列信息。如果目标真菌或不常见菌的序列在数据库中不存在或非常罕见，那么
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