label-free定量蛋白组学结果分析

无标签（label-free）定量蛋白组学中，蛋白质样品经过液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）技术检测分析以后得到的数据，需要通过一系列后处理才能获得其肽段氨基酸序列组成。处理方法可以分为3类：数据库搜索法、从头测序法和肽序列标签法。

数据库搜索法：肽段的MS/MS谱图与理论谱图比对，从已有的蛋白质谱库中搜索，比对成功即可鉴定。目前使用较多、应用最广泛的搜库软件是Mascot，其检索方式包括以下三种：Peptide Mass Fingerprint （肽指纹图谱检索）、Sequence Query （部分序列比对）、MS/MSIon Search （串联质谱检索）。原始数据经过转化以后，使用软件计算和谱库比对，得到蛋白序列和其它对应的等电点、分子量、序列等信息。

从头测序法：从头测序方法是鉴定序列数据库中未曾收录的新蛋白质的重要方法，这种方法不依赖现有的数据库，根据肽段有规律碎裂的特点，直接从图谱中推导出肽段的序列。酶解后的肽段经LC-MS分析，部分肽段离子被选中进行二级质谱分析。

肽序列标签法：肽序列标签法首先从图谱中直接推导出肽段的局部序列，长度通常为3个氨基酸，称为肽序列标签或者肽序列片段，然后用推导出的肽序列标签搜索数据库。这种方法主要考虑了图谱中包含肽段序列信息的不完全性和生物蛋白质序列的相似性等特点，在修饰、突变和跨物种搜库中应用较多。

虽然有多种方法，但对于label-free定量蛋白组学数据处理来讲，搜库仍然是最主要的处理手段，从头测序法和肽序列标签法都是数据库搜索方法的有益补充。

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