蛋白质谱实验中常见故障排除指南
问1：怎样判断样品中是否表达了蛋白质？
答：可以通过免疫印迹法（Western Blot）分析样品（即，在细胞收获后直接分析）。
问2：如何判断蛋白质是否在实验过程中，即样品处理过程中丢失？
答：在每个实验步骤中定期取样，通过免疫印迹法进行验证，确保蛋白质存在于样品中。
问3：在样品处理过程中，如何避免蛋白质被降解？
答：建议在样品制备过程中向所有缓冲液中添加蛋白酶抑制剂（对多种天冬氨酸、丝氨酸和半胱氨酸蛋白酶具有活性），但是要特别注意在胰蛋白酶处理之前将其移除！使用不含 EDTA 的混合物；推荐使用 PMSF。
问4：在实验步骤中是否损失了大量样品？
答：低丰度蛋白质很容易在样品制备步骤中丢失，或者无法在高丰度蛋白质存在的情况下被检测到。可以通过扩大实验规模、使用细胞分离分级方法增加相对蛋白质浓度，或者通过免疫沉淀富集低丰度蛋白质。
问5：如果“肽逃避检测”怎么办？
答：“肽逃避检测”是因为肽段的大小（太长或太短）不适宜质谱检测。这可能是由于蛋白质序列中缺乏蛋白酶识别位点，或蛋白酶识别位点过多；或者蛋白质样品消化过度/不足。我们可以通过改变酶解时间或蛋白酶类型来解决。此外，双重消化也是一种不错的选择（使用两种不同蛋白酶的组合）。
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