de novo蛋白测序数据分析

    蛋白质测序是利用质谱等方法来对蛋白氨基酸序列进行测定,蛋白从头测序(De novo sequencing)是根据质谱检测过程中蛋白肽段与惰性气体碰撞产生的规律性片段离子,然后通过相邻离子之间的质量差来推断氨基酸信息的一种测序技术。

     

    蛋白从头测序数据分析不需要依赖或参考任何已知的氨基酸序列或数据库信息,直接对质谱检测出的肽段氨基酸数据进行分析,再结合计算机算法、生物信息学分析进行氨基酸序拼接和注释,最终获得完整蛋白氨基酸序列。获取的蛋白氨基酸序列可通过FAR(False Amino-acid Rate)和FDR(False Discovery Rate)等指标来进行质量控制,从而获取置信度较高的、正确的目标蛋白氨基酸序列。

     

    百泰派克生物科技采用Thermo公司推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪结合Nano-LC纳升色谱技术,提供基于质谱的多肽de novo从头测序服务,对多肽序列进行分析。Obitrap Fusion Lumos质谱仪是现在分辨率和灵敏度最高的质谱仪,保证了低丰度肽段碎裂片段鉴定的灵敏度;同时在肽段碎裂过程中采取HCD与ETD结合的模式,保证肽段碎裂片段的完整性。得到质谱原始数据之后,采用从头测序的方式对多肽序列进行推导。

     

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