鸟枪法蛋白质组学分析法的缺点

鸟枪法蛋白质组学又称Shotgun蛋白质组学，是指使用自下而上的蛋白质组学技术，通过高效液相色谱法（HPLC）和质谱法（MS）的组合来鉴定复杂混合物中的蛋白质。鸟枪蛋白质组学的最常见方法始于消化混合物中的蛋白质，并通过液相色谱分离所得肽，然后使用串联质谱法鉴定肽实现蛋白样品的鉴定。

Shotgun蛋白质组学源于使用先前技术分离复杂混合物的困难。早在上世纪七十年代，二维聚丙烯酰胺凝胶电泳（2D-PAGE）法便可解析复杂蛋白质混合物，随着基质辅助激光解吸电离（MALDI）、电喷雾电离（ESI）和数据库搜索的发展，蛋白质组学领域的研究技术也得到了质的飞跃。然而，这些方法仍然难以识别和分离低丰度蛋白质、异常蛋白质和膜蛋白质，鸟枪法蛋白质组学技术的出现便使得这一难题得到了解决。

Shotgun蛋白质组学具有全部蛋白质鉴定以及系统的分析动态蛋白质组的能力，同时还避免了与完整蛋白质分析相关的适度分离效率和较差的质谱灵敏度。但是，鸟枪蛋白质组学中经常使用的动态排除过滤，以牺牲随机抽样为代价，最大限度的增加已识别蛋白质的数量，鸟枪蛋白质组学固有的取样不足可能会加剧这个问题。

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