IP-MS打质谱非特异互作的蛋白一般有哪些

免疫沉淀（IP）是研究蛋白质相互作用的一种经典技术，而免疫沉淀串联质谱分析（IP-MS）是目前应用最广泛的蛋白相互作用研究方法之一。IP-MS的主要原理是基于特异性抗体或其他亲和试剂与靶标蛋白的亲和作用，通过免疫共沉淀（Co-IP）将靶标蛋白与靶标蛋白相互作用的蛋白从复杂的样本中提取出来，进而进行质谱检测以鉴定靶标蛋白的相互作用蛋白。

通过IP-MS研究蛋白相互作用以及互作蛋白鉴定时，应该怎么确定IP-MS打质谱非特异互作的蛋白一般有哪些？通常可通过互作蛋白筛选模式进行筛选。互作蛋白筛选是根据IP-MS的相对定量数据进行分析，在IP实验组中较IP对照组中显著升高的蛋白即被鉴定为靶标蛋白高可信的相互作用蛋白。由于IP实验的富集原理，IP-MS中显著差异蛋白的筛选标准相较常规蛋白质组学通常更高。可以以差异倍数>10，P value<0.01作为相互作用蛋白的筛选标准。理想的IP-MS实验会通过特异性靶向目的蛋白以检测更接近生理状态下的蛋白相互作用，但这种检测准确性很大程度上会受到目的蛋白内源表达水平低或抗体效价低等因素的干扰。

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