你们能进行从头测序吗？

可以。 使用产生高质量精度的前体（肽）和产物（肽片段）离子的仪器，可实现高质量的从头测序。因此，我们将在 QExactive 上运行此类样本。然后，最好使用 Peaks 7 9BSI 处理数据文件，它在从离子系列中重建肽序列方面做得非常出色。 然而，即使有一套完整的胰蛋白酶肽，完全测序，也仍然不可能定义肽的顺序。这可以通过以下两种方式之一来克服。首先，如果存在来自已知序列相关物种的蛋白质，则可以使用同源匹配来组装胰蛋白酶肽序列。或者，如果用不同的内肽酶（例如 GluC）消化相同的蛋白质，则可以生成与胰蛋白酶系列重叠的第二组肽序列，并可用于重建蛋白质序列。最后一点，一些肽太小会无法测序，用内肽酶 LysC 或 ArgC 消化蛋白质也是有帮助的。 使用这些方法，我们对多达约 200 个氨基酸的蛋白质进行了完整测序。也有能力将其扩展到更大的蛋白质。 最后一个警告。亮氨酸Leu 和异亮氨酸Ile 是等压的，不能通过这种方法进行区分。



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