SILAC与iTRAQ谁更适合用于定量分析酵母蛋白质组？

二者各有优势，也有缺点，应根据实验侧重点进行选择。SILAC的优势：1、将差异标记的蛋白质合并并加工在一起，最大限度地减少由于处理错误引起的偏倚；2、氨基酸修饰介质不影响细胞的代谢过程；3、定量很简单，因为预先知道肽与其较重版本之间的预期质量差；4、在SILAC培养基中培养5-6代后，体内标记是准确和完整的，无需优化标记。SILAC的缺点：1、培养过程耗时；2、有些样品不能通过培养过程获得；3、有些细胞类型不能容纳某些氨基酸。iTRAQ优势：1、特别适用于比较研究；2、能够在相对较短的时间内识别和量化蛋白质组；3、可鉴定的蛋白质丰度动态范围大；4、在一次分析中可以鉴定和定量数千种蛋白质/肽；5、可检测到翻译后修饰；6、可以识别任何类型的蛋白质，包括高分子量蛋白质、酸性蛋白质和碱性蛋白质。iTRAQ缺点：1、样品必须按照非常严格的流程准备；2、iTRAQ仅提供相对定量，故只能比较相对丰度。

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