如果定量蛋白质组学实验包含大量样本，那么选择哪一种方法比较好？

Label free无标记定量最合适。SILAC和iTRAQ的样本数量而言，有限的性质以及它们定量的比率性质意味着这些方法需要将所有样本与内部参考进行比较，从而在实验中引入额外的测量误差。对于iTRAQ，由于定量发生在MS/MS光谱中，因此，所有样品中唯一可定量的蛋白质将是所有分析中鉴定的蛋白质，限制了定量肽的总数。

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