可以从我的样品中获得多少蛋白质（蛋白质组）？

这当然取决于很多因素，例如：您感兴趣的生物体（细菌还是人类？）；您的样品类型（全细胞裂解物或血浆 Co-IP？）；您的样品制备工作流程（分馏还是不分馏？）；每个样品的测量时间（30 分钟梯度还是 2 小时梯度？）。例如，对于在单次 DDA 蛋白质组学中以一小时梯度测量细菌全细胞裂解物，我们通常可以检测到 50% 的理论蛋白质组（蛋白质数据库/fasta 文件中提供的所有蛋白质）。又例如，对于在单次 DDA 蛋白质组学中以一小时梯度测量人类全细胞裂解物，我们通常可以检测到大约 3500 种人类蛋白质（蛋白质组）。

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