基于生物标志物的蛋白质组学鉴定，应该选择 DDA 还是 DIA？

对于 DDA，您可能需要TMT或MS1色谱图提取工具，如MaxQuant 或Mascot Distiller（或Skyline）。而且，您需要决定是使用需要试剂的等压标记方法（如TMT标记），还是使用色谱峰面积的无标记方法。如果是后者，那么无标记MS1方法可以更容易与无标记 DIA 进行比较，后者将根据从MS/MS中提取的色谱图进行量化。近年来，越来越多研究表明，DIA MS/MS方法会产生更多选择性定量和更少缺失值，但大多数人仍然认为它比使用MS1提取的DDA方法工作量更大。您必须根据可用的资源和专业知识做出选择。

相关服务: