构建离子库：是否建议让每个 DDA 都以与 DIA 相同的 LC 梯度运行？如果使用iRT呢？是否需要iRT？

为了获取最佳结果，您希望iRT测量值尽可能与实验性DIA测量值相匹配。经常使用“色谱库”方法，其中 DIA 搜索库是在相同条件下在同一列上获取的，并且与实验数据接近。这种方法总是使保留时间差得分成为一个非常有力的指标，你对实际使用的色谱进行iRT评分的距离越远，你对保留时间的预测就越难。你可以选择做出适当的舍弃，因而使iRT搜索库可以支持在系统和梯度长度之间切换，但这样会失去预测的能力。

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