当样品中未添加iRT mix时,您如何将Skyline应用于DIA技术?

    Skyline支持使用内源性肽作为iRT标准,Skyline一个很好的起点是使用CiRT肽——一组已发表的80多种存在于真核生物中的保守肽。Skyline将自动选择其中的一个子集,这些子集在在数据中可以很好地表达。曾有研究在2个体系中含3种生物有体混合数据集上取得了成功,一个是人类、酵母、大肠杆菌混合数据集,另一个是耶氏酵母(Yarrowia)、拟南芥菌(Arabidopsis)、链球菌(Streptococcus)混合数据集。但是,您也可以通过Skyline在您的数据中找到高质量的内源性标记,如果您在没有iRT预测的情况下以全梯度模式提取目标的重复运行,这需要更多的准备但确实有效。


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