库导入的假阳性率(FDR)是否在肽/蛋白质/肽谱匹配(PSM)级别计算?

    如果您指的是数据库构建的临界值,那么它不一定保证是FDR截止值。数据设置的截止值始终应用于搜索途径提供的最合适的概率值。对于PeptidePhrophet算法,该概率值是一个后验误差概率,它指示PSM本身的局部假阳性率。i.e.0.9意味着所有这样的匹配都可以预期为10次中的9次为真阳性。它并没有说明假阳性的全覆盖积累效应,因此不能用于估计FDR。对于每个搜索途径,您最好研究Skyline使用的概率值,并考虑它如何映射到您所寻求的FDR级别,然后应用适当的截止值以获得您想要的结果。


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