我们正在对生物标志物鉴定进行比较分级研究。我们应该使用 DDA 还是 DIA？此外，不同的仪器类型是否会对分析产生影响？

我们会推荐 DIA（Data independent acquisition）数据非依赖性采集模式，因为它最终可以为定量实验产生更高质量的数据。不过，DIA可能工作量更大且需要对新技术进行学习。因此，我认为我们无法给出明确的建议。您需要根据实验室的资源和专业研究做出最终的决定。

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