SWATH定量—为什么不通过在 MS 和 MS/MS 级别对样品中的每个离子进行测序来生成数据库
理论上应该这样做。 理想情况下，机器的速度足以在 0.7 Da 的小窗口中扫描整个 m/z 范围，这对应于 MRM 窗口，并且是我们可以用四极杆隔离的最小窗口。扫描蛋白质通常的m/z范围（从350到1250 m/z）代表了大约1285个独立的0.7 Da窗口，在这个窗口中我们必须分离和破碎前体离子以记录其碎片离子。然而，实际的MS技术与这个数字相差甚远。使用最新版本的质谱仪，TripleTOF 6600，可以在1个周期内定义200个较大的m/z窗口。那么既然我们有每一个窗口的MS和MS/MS信息，为什么不能用200个较大的窗口来生成数据库？答案是，我们从一个SWATH窗口的分析中得到的是这个窗口中出现的所有MS/MS离子的混合碎片。一些算法能够对这种错误的MS/MS信号进行解构，使MS/MS片段只与一个MS离子相关。然而，这些算法并不完美。因此，如果需要的话，可以在没有获得IDA的情况下生成一个数据库。即做一个SWATH采集，并在数据上运行一个去卷积算法。结果是得到一个MS离子的列表，加上它们的解卷MS/MS片段，这与IDA模式完全一样。
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