我应该使用1D还是2D SDS PAGE？

2D PAGE是从复杂蛋白质组学样品中分离和可视化许多蛋白质的经典方法。它可以让您了解样品纯度，这在依靠色谱纯度相对较高（>80%）的样品进行质谱分析之前非常有用，例如完整的质谱测定或肽图谱。然而，2D PAGE也有一些缺点。例如，你很少观察到疏水性膜蛋白，因为它们在IEF期间沉淀了。因此，你很可能只观察到凝胶pI范围内的蛋白质，通常pH为4-7或3-10，凝胶中蛋白质的分子量范围约为10-130 kDa。因此，对于大的疏水性蛋白质，最好使用1D SDS PAGE。主要原因是您可以将蛋白质溶解在含有0.1%SDS的1D SDS PAGE缓冲液中。但除此之外，凝胶没有pI限制，MW范围可以高达1000 kDa。另一种可能性是用于蛋白质混合物的溶液消化。这种方法是在凝胶内消化和鉴定每个条带的蛋白质ID之前跑胶并剪切感兴趣的蛋白条带的替代方法。通常，您会通过LC-MS/MS和随后在Swiss-Prot/UniProtKB中的数据库搜索来识别数百甚至数千种蛋白质。



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