IP/Co-IP/Pull-down差别在哪

免疫沉淀（IP）和免疫共沉淀（Co-IP）是纯化富集目的蛋白和确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法，Pull-down与Co-IP的原理类似，均是利用亲和配体捕获互作蛋白，那么IP/Co-IP/Pull-down差别在哪？

免疫沉淀（immunoprecipitation, IP）是指利用抗体可与抗原特异性结合的特性，将抗原（常为靶蛋白）从混合体系沉淀下来，初步分离靶蛋白的一种方法。免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）是以抗体与抗原之间的专一性作用为基础来研究蛋白质相互作用的经典方法, 也是确定两种蛋白在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。这种方法常用于测定两种目的蛋白是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白的新互作蛋白。

Pull-down技术又称蛋白质体外结合实验（Binding assay in vitro），是一种行之有效的验证酵母双杂交系统的体外实验技术。谷胱甘肽S转移酶（GST）融合蛋白Pull-down方法可以用于鉴定能与已知融合蛋白相互作用的未知蛋白质，以及两个已知蛋白质之间是否存在相互作用。Pull-down是胞外纯化蛋白后证明两个蛋白之间有相互作用，这个相互作用必然是直接相互作用。但Pull-down的结果并不能真实地反应正常生理条件下蛋白质之间的相互作用，即不意味着在生理条件下一定能结合，因为在活体内它们在亚细胞空间上不一定能相遇。

IP的作用是富集和检测某单一蛋白，而Co-IP的作用是检测两个蛋白是否在体内有相互作用，但是不能确定是直接或间接相互作用。但IP和Co-IP实验都是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础，是处于天然构象状态的抗原（蛋白样品）和抗体之间的反应。Pull-down与Co-IP的不同之处在于其利用1个纯化且含有标签的蛋白作为诱饵来结合互作蛋白，通常用来证明蛋白之间直接的相互作用。Co-IP则采用固定的抗体捕获互作蛋白，用来证明两个蛋白之间的相互作用，但是不排除通过第三个蛋白介导的间接互作。

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