单细胞分析FAQ汇总

• • 单细胞的拟时序是什么？

  拟时序是一种通过对单细胞数据进行分析，预测细胞在生物过程中的时间顺序。它强调了细胞的状态转变和发育轨迹，尽管在实际测序过程中并没有直接测量时间因素。拟时序方法旨在根据细胞间的相似性和基因表达的变化，对细胞进行排序，从而构建一个在生物学上有意义的时间序列。 百泰派克生物科技--生物制品表征，

• • 单细胞转录组：Smart-seq2与10X技术的区别是什么？

  Smart-seq2和10X技术是单细胞转录组测序两种常用的方法。它们在样本处理、测序深度、覆盖度和数据分析等方面存在一些区别。 一、样本处理： 1.Smart-seq2： 这种方法需要对单个细胞进行分离和捕获，然后进行细胞裂解和逆转录反应，最后进行扩增和测序。这种方法通常需要较长的操作

• • 质谱流式实验技术流程中样本染色的最后一步细胞浓度调整需要计数实现吗？补充beads的目的是什么？

  本文讨论了质谱流式实验过程中，样本染色后细胞浓度调整的必要性以及补充beads的多重目的。细胞浓度的精确计数和调整以及beads的正确使用对于获取准确、可靠的实验结果至关重要。

• • 单细胞质谱流式技术分析：体积和尺寸怎么测量，什么原理？

  单细胞质谱流式技术（single-cell mass cytometry，简称 CyTOF） 结合了流式细胞仪和质谱技术，主要是用于分析细胞表面和细胞内的分子， 流式细胞仪（Flow Cytometry）可以实现细胞的体积和尺寸测量，其通过激光或其他光源来检测流经流道的单个细胞。

• • 请问一下 单细胞测序中的SPRING plot是什么图呢

  单细胞测序（single-cell sequencing）是一种研究单个细胞基因表达的技术，它可以揭示细胞群体中的异质性和功能差异。在单细胞测序数据分析中，SPRING plot是一种用于展示细胞间的相似性和差异性的可视化方法。SPRING即“Scalable, PRecomputed In

• • 单细胞核转录组能代替整个细胞吗？

  单细胞核转录组不能完全代替整个细胞，因为核转录组只包含细胞核内的转录本信息，而细胞内还有其他重要的生物分子和结构组分，例如细胞质内的蛋白质、代谢产物、细胞器等，这些都不能通过单细胞核转录组得到。单细胞核转录组是通过分离和提取细胞核的RNA来进行测序分析的。虽然核转录组可以提供细胞的基因表达信

• • 在单细胞分析研究中，对于相似的细胞亚群，应该如何定义其细胞类型比较合适？

  在单细胞分析研究中，对于相似的细胞亚群，定义其细胞类型需要综合考虑多个方面的信息。以下是一些建议和常用的方法：1.基于已知标记物：对于已知的细胞类型，可以通过检测已知的细胞标记物来确定细胞类型。这些标记物可以是特定的蛋白质、细胞表面受体、转录因子等。在单细胞RNA测序中，可以利用细胞类型特异

• • 单细胞多组学整合效果评价标准有哪些?

  在单细胞多组学整合中，评价整合效果的标准可以从多个角度进行考量。以下是一些常见的评价标准：1.聚类一致性：通过比较整合前后数据的聚类结果，评估细胞在整合后是否保持相似的聚类结构。可以使用聚类一致性指标，如Adjusted Rand Index (ARI)、Normalized Mutual

• • 非肿瘤单细胞测序该怎么做？

  非肿瘤单细胞测序是指对非肿瘤样本中的单个细胞进行测序，以了解非肿瘤细胞在生理和病理状态下的转录组和表观组学等信息。以下是进行非肿瘤单细胞测序的一般步骤：1.细胞样本准备：收集非肿瘤细胞样本，可以是血液、组织、器官等。样本的获取和处理要遵循严格的实验室操作规程，确保细胞质量和完整性。2.细胞悬

• • 质谱流式和CITE-seq的优缺点是什么？

  质谱流式（Mass Cytometry）和CITE-seq是两种常用的单细胞分析技术。它们各自有不同的优缺点，下面将对它们进行详细比较：一、质谱流式（Mass Cytometry）：1.优点：a高维度：质谱流式可以同时检测数十个细胞表面标记物，提供高维度的信息，能够分析复杂样本中不同细胞类型