单细胞多组学整合效果评价标准有哪些?

在单细胞多组学整合中，评价整合效果的标准可以从多个角度进行考量。以下是一些常见的评价标准：




1.聚类一致性：

通过比较整合前后数据的聚类结果，评估细胞在整合后是否保持相似的聚类结构。可以使用聚类一致性指标，如Adjusted Rand Index (ARI)、Normalized Mutual Information (NMI)等来衡量。




2.基因表达调整：

考察整合前后的基因表达模式，判断整合是否导致了不必要的批次效应或是损失了特定细胞亚群的表达差异。可以通过观察PCA、UMAP或t-SNE等降维图来进行判断。




3.细胞型标记物保留：

检查整合后的数据是否仍然保留了特定细胞型的标记基因表达模式，即是否仍能准确地鉴定和区分各类细胞。




4.跨样本细胞相似性：

比较不同样本间相同细胞类型之间的相似性，评估整合后细胞之间的跨样本一致性。




5.转录组一致性：

检查细胞在整合前后的转录组表达是否保持一致，这可以通过绘制细胞之间的相关性热图和基因表达的散点图等来观察。




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