如何利用Label-Free Shotgun Proteomics实现蛋白全谱定量？
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MS1强度法（Peak Area / Ion Intensity）：通过积分肽段的色谱峰面积反映其丰度；
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谱图计数法（Spectral Counting）：统计与某蛋白相关的MS/MS谱图数目，间接反映其含量。
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无需标记，样本处理流程简单；
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可扩展性强，适合多组学联合设计；
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适配不同样本类型，如组织、血清、细胞、外泌体等；
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支持重分析（re-analysis），便于数据复用。
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重复性与批间差异控制：样本前处理和LC-MS系统的稳定性直接影响定量精度；
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数据量庞大，计算需求高：需高效的数据处理与统计模型支持；
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肽段检测偏倚：低丰度蛋白或肽段易被遗漏。
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高动态范围 → 覆盖低丰度蛋白
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高扫描速度 → 提升蛋白识别数
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高质量分辨率 → 增强定量准确性
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利用Label-Free定量发现癌症组织中的差异蛋白，为生物标志物筛选提供线索；
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解析免疫细胞在疾病状态下的蛋白表达图谱，揭示关键通路。
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比较药物处理前后的蛋白表达变化，辅助评估靶向效果；
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联合代谢组数据进行整合分析，构建作用机制网络。
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应用于血清/尿液等生物液，寻找无创标志物；
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联合机器学习方法，提高多蛋白panel筛选效率。
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高通量平台支持：年处理能力>3000个样本，适配大队列项目；
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科研+转化并重：服务涵盖基础研究、临床队列、CRO合作；
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技术团队背景扎实：核心成员来自中科院、985高校，具备强项目交付能力；
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高质量原始数据交付+定制报告支持：含定量矩阵、QC报告、差异分析图表及功能注释。
在蛋白组学研究中，蛋白质定量不仅是基础任务，更是连接生物学表型与分子机制的关键环节。随着质谱技术的持续发展，Label-Free Shotgun Proteomics（无标记散弹枪蛋白质组学）因其无需化学标记、样本处理简单、适用于大规模样本比较等优势，已成为高通量蛋白定量的重要技术路线。
一、什么是Label-Free Shotgun Proteomics？
1、Shotgun Proteomics简介
“Shotgun Proteomics”是一种基于bottom-up策略的质谱分析方法，通常流程包括：
（1）蛋白样本裂解 →
（2）胶内/液相胰蛋白酶消化 →
（3）多肽混合物经LC-MS/MS分析 →
（4）数据库搜索鉴定蛋白质。
与“Targeted proteomics”不同，Shotgun策略不预设目标，而是通过数据驱动方式实现蛋白组的全局扫描和识别，因此被称为“散弹枪”式分析。
2、Label-Free定量的原理
在Label-Free模式下，蛋白定量不依赖任何同位素或化学标记，而是基于MS信号强度（Intensity-based）或谱图计数（Spectral Counting）进行推算：
这类方法可以在不引入额外成本的情况下，实现多个样本的定量比较，尤其适合大样本量和临床队列研究。
二、Label-Free Shotgun的技术优势与挑战
1、技术优势
2、面临的挑战
因此，选择经验丰富、平台成熟的质谱服务商至关重要。
三、如何实现高质量的Label-Free蛋白全谱定量？
1、样本制备标准化
标准化的蛋白提取、酶解和纯化流程，是保证重复性和可比性的基础。百泰派克生物科技在此环节采用自动化样本前处理平台，最大限度降低人为误差。
2、高分辨率质谱仪器支持
我们部署了Orbitrap Exploris 480和timsTOF Pro 2等高端质谱系统，具备如下优势：
3、严谨的LC-MS系统维护与QC体系
定期使用标准蛋白混合物进行质控，确保数据的批间一致性和仪器状态稳定性。
4、多层级定量策略融合
除了传统的MS1强度定量，百泰派克生物科技还引入Match Between Runs（MBR）、iBAQ、LFQ算法（如MaxQuant, Proteome Discoverer）等先进方法，实现更高的定量覆盖率和准确度。
5、数据分析与生物信息挖掘
我们配套提供从蛋白鉴定→差异分析→功能注释→通路富集的一站式数据分析服务，帮助客户快速从定量数据中提取生物学洞见。
四、Label-Free Shotgun在科研中的应用
1、疾病机制研究
2、药物靶点验证
3、生物标志物探索
五、百泰派克生物科技如何助力您的Label-Free蛋白定量研究？
作为国内领先的多组学技术服务提供商，百泰派克生物科技在蛋白组学领域深耕多年，已为数百家科研机构提供定制化服务。我们优势包括：
Label-Free Shotgun Proteomics 作为一种高效、灵活的全谱定量方法，正在成为蛋白组研究的主力技术。通过科学的实验设计、稳定的质谱平台和专业的数据分析团队，您可以获得更加全面、准确和可解释的蛋白定量结果。如果您正准备开展相关研究，欢迎联系百泰派克生物科技获取专业建议和一对一技术支持。我们期待与您携手，把握每一个蛋白分子的科研价值。
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