转录组测序的样本量怎么算?
转录组测序(RNA-Seq)的样本量计算主要取决于研究目的、样本类型、测序深度以及预期的数据分析方法。
1.研究目的:
基础研究、差异表达分析、稀有转录本检测或特定基因表达分析等不同目的影响所需样本量。
2.样本类型:
如人类、动物、植物或微生物样本,以及样本的异质性。异质性高的样本通常需要更多的样本量。
3.测序深度:
差异表达分析通常需要至少10-20 million reads per sample。稀有转录本检测或特定小RNA研究可能需要更高的测序深度(>30 million reads)。
计算具体样本量时,还需考虑预算、实验设计复杂度等因素。使用在线工具如RNASeqPower、Scotty等,输入具体参数(如预期效应大小、错误率、样本异质性等),可以帮助估算所需的样本量。
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