粪便样本用于宏基因组测序和短链脂肪酸检测时，是否可用医院常规粪便采集管收集后直接-80℃保存？是否还需预处理或使用专用保存管？

可以使用医院常规粪便采集管收集后 -80℃保存，但前提是采集管必须满足以下条件：无固定液、无保存液、无培养基、无防腐剂、无凝胶或吸附材料，且尽量为无菌洁净管。如果只是普通洁净带勺粪便采集管，且样本采集后能尽快冻存，一般可用于后续宏基因组测序和短链脂肪酸检测。

建议按以下方式处理：

1、不建议在同一管中反复取样用于两个检测

宏基因组测序关注微生物DNA稳定性，短链脂肪酸检测关注代谢物稳定性。建议采集后尽快在低温条件下分装为两份：

• 一份用于宏基因组测序。

• 一份用于短链脂肪酸检测。

这样可以避免反复冻融，也减少不同检测之间的污染和基质差异。

2、一般不建议自行进行复杂预处理

粪便样本采集后通常不需要离心、加水、加PBS、加乙醇、加防腐剂或进行匀浆处理。这些操作可能影响菌群组成、DNA提取效果或短链脂肪酸定量结果。若需匀浆、称量或加内标，应由检测平台按照统一方法处理。

3、冻存时间越快越好

采集后建议尽快置于冰上或4℃短暂暂存，并尽快转入 -80℃。如果从采集到-80℃冻存时间较短，普通无添加采集管通常可以接受；如果无法及时冻存，建议提前使用适配检测目的的专用保存方案。

4、专用保存管是否需要，取决于现场条件

• 如果采样后可在短时间内完成分装并-80℃冻存：通常不一定需要专用保存管。

• 如果采样地点分散、不能及时低温转运或冻存：宏基因组测序可考虑微生物DNA稳定保存管。

• 用于短链脂肪酸检测时，不建议随意使用含保存液的管，因为保存液可能干扰有机酸检测或改变定量结果。

5、需避免的采集管类型

不建议使用以下管型用于该类联合检测：

• 含甲醛、福尔马林或固定液的粪便管。

• 含培养基、缓冲保存液或核酸稳定液但未确认兼容短链脂肪酸检测的管。

• 临床便常规/便潜血专用反应管。

• 已接触检测试剂、显色剂或化学添加剂的容器。

推荐方案

使用无添加、无菌或洁净粪便采集管采样后，尽快低温分装至冻存管，每份约满足检测用量，随后直接 -80℃保存，全程避免反复冻融。若无法保证及时冻存，建议提前确认保存管类型是否同时兼容宏基因组测序和短链脂肪酸检测。

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