请问可以分析剔除污染部分的mrna吗？

从实验逻辑上讲，“剔除污染部分的 mRNA”需要区分当前所处的数据或样本阶段，其可行性差异较大：

一、若已完成 RNA 提取或测序数据已生成

1、可以在生信层面“去除真菌来源序列”

这是唯一相对可操作的“剔除方式”。

（1）常规流程包括

• 双参考比对（dual alignment）

• 先比对人/动物宿主基因组（如 hg38、mm10）

• 未比对上的 reads 再比对真菌数据库（如 Candida / Aspergillus genome）

（2）分类过滤

• 使用 Kraken2 / Centrifuge / Kaiju 进行物种分类

• 将真菌来源 reads 直接剔除

（3）重新定量表达矩阵

仅保留宿主特异性 reads 进行表达分析

结论：技术上可以去除“真菌RNA信号”干扰

二、关键限制

即使去除了真菌 reads，仍存在不可逆偏差：

1、宿主细胞转录谱已被改变

真菌污染引发的：

• 氧化应激

• 炎症/免疫样反应

• 营养缺乏状态

• 代谢重编程

这些变化会真实反映在宿主 mRNA 中，无法通过任何“剔除”恢复原始状态。

 

2、表达数据已不再代表正常生理状态

即便数据“干净”，也属于：“受污染条件下的应激转录组”，而非生理或实验设计目标状态。

三、若仍处于细胞或RNA提取前阶段

则不存在“剔除部分 mRNA”的概念，只能：

• 重新培养无污染细胞

• 替换冻存细胞或重新建系

• 当前样本仅用于污染评估或方法学记录

四、实验决策建议

1、从科研严谨性角度：用于发表级转录组 / 蛋白组 / 代谢组 → 不建议使用污染样本

2、生信去污染仅适用于：

• 污染程度极低

• 作为补救性分析或方法验证

• 无法重新取样的特殊情况

五、结论

可以在数据层面剔除真菌来源 mRNA（通过比对与分类过滤实现），但无法消除污染对宿主转录状态造成的系统性偏移。因此，该类样本更多适用于污染识别与辅助分析，而不适合作为标准生理状态数据来源。

百泰派克生物科技——生物制品表征，多组学生物质谱检测优质服务商

 

相关服务： 

转录组测序