生物信息学工具都有哪些呢？

生物信息学工具主要可分为以下几大类：

一、序列分析类

1、比对工具（Alignment）

BLAST, Bowtie2, BWA, STAR, HISAT2

2、组装工具（Assembly）

SPAdes, SOAPdenovo, Trinity（转录组）

3、注释工具（Annotation）

Prokka（微生物基因组）, ANNOVAR（变异注释）, GffCompare（RNA注释对比）

二、基因组学分析（DNA-seq/WGS/WES）

1、变异检测

GATK, Samtools/BCFtools, VarScan, FreeBayes

2、结构变异检测

Manta, LUMPY, DELLY

3、拷贝数变异分析（CNV）

CNVnator, Control-FREEC

三、转录组学分析（RNA-seq）

1、质量控制

FastQC, Trimmomatic, fastp

2、比对与计数

STAR/HISAT2 + featureCounts/HTSeq

3、差异表达分析

DESeq2, edgeR, limma

4、可视化与功能富集

ClusterProfiler, ggplot2, pheatmap

四、蛋白组学（Proteomics）

1、数据分析平台

MaxQuant, Proteome Discoverer, OpenMS

2、定量分析工具

MSstats, Skyline

3、数据库搜索引擎

Mascot, SEQUEST, Comet

五、代谢组学

1、数据预处理与标准化

XCMS, MZmine, MetaboAnalyst

2、代谢物注释

MS-DIAL, GNPS

3、通路富集分析

MetaboAnalyst, KEGG Mapper

六、单细胞组学（scRNA-seq）

1、分析框架

Seurat, Scanpy

2、细胞注释与轨迹推断

SingleR, Monocle, PAGA

七、宏基因组/微生物组

1、物种分类

Kraken2, MetaPhlAn, QIIME2

2、功能注释

PICRUSt2, HUMAnN

八、系统生物学与网络分析

Cytoscape, STRING, WGCNA

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蛋白质组学生物信息学分析