如果做南北美对虾的肠道内容物,请问是带着肠道一块取样,还是把内容物单独取出来呢?以及如何把内容物单独取出来?
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活体或新鲜冷藏个体;
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冰上操作,尽量减少微生物变化与RNA降解。
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在无菌条件下(如超净台内),用无菌剪刀或镊子从腹部背面剖开;
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缓慢分离出完整肠道,尽量避免破裂。
- 注意: 肝胰腺是黄色的,非常容易破裂,要尽量避免污染到肠道。
- 用一把精细镊子固定肠道的一端,用另一把镊子从肠道的另一端轻轻向固定端挤压,像挤牙膏一样将内容物挤出。
- 用移液器吸取少量无菌PBS,冲洗肠道外壁和挤出的内容物,然后将含有内容物的PBS液体收集到无菌离心管中。
- 将肠道平放在载玻片上,用精细剪刀或锋利的解剖针将其纵向剖开。
- 用移液器吸取少量无菌PBS,反复冲洗和吹打肠道内壁,将内容物冲刷下来。
- 将冲洗下来的液体收集到无菌离心管中。
- 将整条肠道直接放入装有适量无菌PBS的离心管中。
- 在涡旋振荡器上短暂、轻柔地涡旋,使内容物从肠道中脱落。
- 然后用镊子将空的肠道组织取出弃掉,保留管中的液体(即内容物悬液)。
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微生物/代谢组:速冻于液氮后-80℃保存;
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转录组:可加入RNA稳定剂如RNA later,再转-80℃;
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蛋白组:立即液氮冻存,防蛋白酶降解。
关于南北美对虾肠道内容物取样方式,需根据研究目的决定操作策略。以下是常见情况的处理建议:
一、是否连同肠道取样
1、如果你的研究目标是肠道内的微生物群落、消化酶、食糜成分等,那么单独取内容物可以最大程度地避免宿主组织(肠道壁细胞)的污染。宿主组织的DNA、RNA或蛋白质会严重干扰后续的分析结果。
2、如果你要研究肠道组织与内容物的互作,则应连同肠道组织一并取样(即肠道整体,包括肠壁与内容物)。
3、若样本量极低:可取整段肠道(含内容物),但需做组织去卷积或后续去宿主 DNA 处理。
二、内容物分离方法建议
实验操作流程如下:
1、样品准备
2、解剖操作
3、内容物收集方式
(1)挤压法
(2)剖开冲洗法
(3)涡旋振荡法
4、保存方式(依下游实验决定)
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