如果做发育树，只测its，还是its和18s一起测呢？

构建系统发育树时，是否选择仅测 ITS 区域，还是同时测 ITS 和 18S rRNA，需要根据以下几个关键因素综合判断：

 

一、研究对象的系统分类层级

1、种内或近缘种间关系解析（intraspecies 或 closely related species）

• ITS 区域（特别是 ITS1 和 ITS2）变异丰富，进化速率较快，适用于区分近缘物种或种内分型，真菌尤其常用。

• 推荐单独使用 ITS，已经足够分辨。

 

2、属级以上、远缘类群的系统关系（genus-level or higher）

• ITS 区域保守性不足，可能出现比对困难或同源性模糊。

• 此时建议联合测序 18S rRNA（小亚基核糖体 RNA），其保守区域有助于正确对齐并构建深层系统发育结构。

 

二、目标生物类群

1、真菌（尤其是系统分类或物种鉴定）

• ITS 被认为是真菌的“DNA barcode”，国际通用。

• 一般测 ITS 即可，但若涉及较高分类层级，联合 18S 更稳妥。

 

2、原生动物、藻类或其他微生物类群

单测 ITS 有时物种解析力不够，需联合 18S 或 28S。

 

三、分析需求与方法

1、仅做物种鉴定：ITS 足够。

2、构建高质量、广义系统发育树（含多个类群、多个水平）：推荐 ITS + 18S 联合分析，或分开构树、结果比对。

 

四、技术建议

1、测序策略：

• 可设计覆盖 ITS1-5.8S-ITS2 的引物，另加一对覆盖 18S 的引物。

• 可单独建库或使用多区段扩增策略。

 

2、比对与建树注意事项：

• ITS 比对前建议使用二级结构辅助校正。

• ITS 建树建议使用最大似然法（如 RAxML），而 18S 可用贝叶斯或邻接法辅助验证树拓扑。

 

总结建议

 

研究目的	推荐策略
物种鉴定（特别是真菌）	仅测 ITS 即可
种群/近缘物种系统发育	ITS 优先，必要时补 18S
高阶系统发育关系（属、科以上）	ITS + 18S 联合分析

 

百泰派克生物科技--生物制品表征，多组学生物质谱检测优质服务商

 

相关服务

16S/18S/ITS扩增子测序