做了外泌体蛋白质谱，不确定下一步该如何分析？如何根据 Excel 结果解析质谱数据？

如已完成上机，并手头有质谱结果 Excel 文件，以下是常规分析思路：

一、基本数据整理（基于Excel表格）

常见输出包含以下信息表格（文件名可能类似）：

可从以下字段入手理解数据结构：

字段名示例	含义
Protein IDs / Accession	蛋白数据库编号，如UniProt ID
Gene Names	对应基因名
LFQ Intensity / TMT Intensity / iBAQ	各样本中的定量强度
MS/MS Count	支持该蛋白的谱图数（可靠性参考）
Coverage [%]	被鉴定的氨基酸覆盖度

二、常规分析流程

1、数据预处理

（1）缺失值处理：去除完全缺失或用小值填充

（2）正规化：log2 转换、Z-score标准化

（3）筛选：去除污染蛋白、反向数据库蛋白（如果标记为“Reverse”、“Potential contaminant”）

2、差异蛋白筛选

（1）计算Fold Change（log2 FC）

（2）使用t检验或非参数检验计算p值

（3）多重比较校正（如Benjamini-Hochberg）

（4）常用标准：|log2FC| > 1，FDR < 0.05

3、富集分析

（1）GO（Gene Ontology）：分子功能、细胞组分、等

（2）KEGG通路富集：生物过程和信号通路

（3）可用工具：

4、可视化建议

（1）火山图（Volcano plot）：展示差异显著性

（2）热图（Heatmap）：差异蛋白聚类

（3）PCA图：样本整体变化趋势

（4）富集条形图 / 气泡图

三、外泌体数据的特殊注意事项

1、推荐结合ExoCarta或Vesiclepedia数据库，确认是否为已报道的外泌体蛋白

2、可评估经典外泌体marker（如CD63、CD81、TSG101等）是否被检出

3、结合NanoSight / TEM / WB等验证结果判断质谱结果可信度

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