请问完成质谱肽段序列鉴定后，拿到结果接下来要怎么分析呢？

质谱获得肽段序列鉴定结果后，下一步分析需根据研究目标（定性、定量、功能研究）分步骤进行。一般流程如下：

 

一、结果质量控制与过滤

• 检查数据库搜索结果的打分指标（如Peptide/Protein FDR、Score、Unique peptide数）。

• 剔除低置信度蛋白或仅1条肽段支持的结果，确保数据可靠性。

 

二、蛋白定性与定量整理

• 若仅做鉴定，整理鉴定蛋白列表、UniProt ID、覆盖度等；

• 若涉及定量（Label-free、TMT等），需汇总各样本蛋白丰度矩阵，并进行归一化和缺失值处理。

 

三、差异分析（如有分组比较）

• 统计学检验（t检验、ANOVA等）筛选差异蛋白；

• 通常需设定Fold Change及显著性阈值（如FC≥1.5或2，p<0.05）。

 

四、功能注释与通路富集

• 使用数据库（GO、KEGG、Reactome）进行功能分类；

• 富集分析评估差异蛋白的生物学意义。

 

五、进一步数据挖掘

• 蛋白互作网络（STRING、Cytoscape）；

• 与转录组、代谢组数据整合，探索调控机制。

 

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