用docking软件，预测完多肽之后要用什么去验证结合呢？

通常在分子对接（docking）预测出多肽与靶标蛋白的结合模式后，需要通过实验手段验证其结合亲和力与特异性。常用方法可分为两类：

 

一、生化或生物物理方法（直接测定结合）

1、表面等离子共振（SPR）

可获得实时结合动力学参数（ka、kd）及平衡解离常数（KD），适合验证亲和力及动力学特征。

 

2、等温滴定量热法（ITC）

可直接测定结合热力学参数（ΔG、ΔH、ΔS）及亲和力，适合高亲和力体系。

 

3、微量热泳动（MST）

对样本需求低，可快速评估结合常数。

 

4、荧光偏振（FP）或FRET

可用于小分子/多肽与蛋白的结合筛选，但需标记。

 

二、细胞或功能水平验证（间接佐证）

1、免疫共沉淀（Co-IP）或Pull-down实验

验证多肽与蛋白是否在细胞或体外形成复合物。

 

2、功能性实验（信号通路激活/抑制、酶活性抑制等）

验证结合是否具有生物学效应。

 

建议

• 初筛阶段可先用MST或SPR评估多肽与靶标的实际亲和力，与对接预测结果比对。

• 高优先级候选再用ITC精确测定热力学参数。

• 若结合稳定且具有生物学功能，再通过细胞功能实验验证生理相关性。

 

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