MRM方法建立时关于前体离子如何选择呢

在建立 MRM（多反应监测，Multiple Reaction Monitoring）方法 时，前体离子选择的标准与流程如下：

 

一、前体离子选择的核心原则

1、选择肽段特异性强的前体离子：

优先选择唯一映射到目标蛋白质的肽段（proteotypic peptides），避免与其他蛋白质共享的肽段。

可以参考公共数据库如PeptideAtlas、SRMAtlas、Uniprot 或使用 Skyline 软件推荐肽段。

 

2、选择质量合适的带电离子（m/z值合适）：

常用肽段的带电形式为 +2 或 +3 电荷状态（z=2 或 3）。

m/z值应落在仪器检测范围内（通常在 300–1250 m/z 范围）。

 

3、选择离子丰度高的前体离子：

使用全扫描MS1 或 MS/MS 数据（如DDA），挑选出响应强、峰形好、背景低的离子。

优先选择强离子信号的同位素峰作为前体。

 

4、避免修饰或不稳定肽段：

避免含有甲硫氨酸（易氧化）、脯氨酸（酶切效率低）或末端胺/羧酸不稳定的肽段。

 

5、保留时间稳定性：

选择在LC梯度中保留时间稳定、易重现的肽段。

 

二、实践流程：

1、获得目标蛋白的肽段列表：

可用酶切工具（如 Skyline、ProteinProspector）模拟酶切。

 

2、用全扫描DDA数据进行初筛：

找到哪些肽段在你的样品中真实存在、响应高。

 

3、从高响应肽段中选择前体离子：

选择2–3个不同的肽段，每个肽段选1–2个带电状态（如+2、+3）。

 

4、结合碎裂谱图确认适合作为MRM前体：

验证该前体离子在碎裂后是否能产生多个高强度的 y 或 b 离子，以确认其是否适合作为的 MRM 前体。

 

前体离子的选择应基于特异性、响应强度、稳定性和检测适配性。全扫描MS/MS数据、文献和数据库可辅助决策。

 

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