请问如何确定蛋白质的分子量，因为预测二级结构好像有这些数据？

一、如何确定蛋白质的分子量

1、根据氨基酸序列计算（理论分子量）

（1）直接使用蛋白质的氨基酸序列，通过加和每个残基的平均质量，减去缩合过程中失去的水分子质量（18 Da × [肽键数]）。

（2）在线工具如：ExPASy ProtParam（https://web.expasy.org/protparam/），可以自动计算分子量。

 

2、实验测定分子量

（1）SDS-PAGE：可粗略估计蛋白质表观分子量，但会受构象、糖基化、异源二聚等影响。

（2）质谱（MS）：如MALDI-TOF或ESI-MS，可精确测定分子量，适用于纯化蛋白。

（3）SEC-MALS（凝胶过滤结合多角度光散射）：用于测定蛋白质在溶液中的绝对分子量，适用于分析多聚体状态。

 

二、与二级结构预测的关系

蛋白质的二级结构预测（如α-螺旋、β-折叠）通常基于：

1、氨基酸序列本身；

2、氨基酸的构象倾向性；

3、可选结合多个同源结构比对（如PSIPRED, JPred, AlphaFold）。

并不直接依赖分子量数据。您或许是看到某些结构预测软件（如Swiss-Model）会列出蛋白质的分子量作为参考信息，但这不是用于预测结构的输入参数。

 

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