对照组是一种蛋白质，实验组是这种蛋白质上修饰了一种多肽，请问测质谱的时候这两个组是不是要控制蛋白质的浓度要一致呀?

是的，在质谱分析中，对照组和实验组的蛋白质浓度应该保持一致。这是为了确保在比较两组时，任何观察到的差异都可以归因于修饰的多肽而不是由于浓度差异导致的信号强度变化；这样可以提高实验的可靠性和结果的准确性。此外，样品的处理、酶切和除盐步骤也应尽量保持一致，以减少技术变异。

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