全面了解抗体测序：从肽段识别到全长序列拼接

抗体测序（Antibody Sequencing）是获取抗体氨基酸序列的关键技术，广泛应用于抗体药物开发、功能改造、结构建模及专利保护等领域。该技术以高分辨率质谱为核心，通过蛋白酶解和数据拼接重建出抗体轻链（LC）和重链（HC）的完整序列。本文将系统梳理抗体测序的核心流程、关键技术参数及应用价值，帮助科研人员理解其科学原理与实际意义。

 

一、抗体测序的基本原理

抗体测序是通过蛋白质质谱（proteomics）技术，在无RNA模板的情况下，从蛋白层面直接解析抗体的氨基酸序列。相比核酸测序，它不受细胞状态限制，特别适用于无细胞株样品或RNA质量受限的抗体来源。

其基本流程包括：

• 蛋白酶解生成肽段；

• LC-MS/MS获取质谱图；

• 应用de novo算法重建肽段序列；

• 拼接轻链与重链全长序列；

• 对关键功能区域（如CDR）进行注释与验证。

 

二、核心技术流程与优化策略

1、多酶协同酶解

• 目的：增加肽段冗余度，覆盖变异区域

• 常用蛋白酶：Trypsin、Lys-C、Chymotrypsin、Asp-N等

• 优势：实现高覆盖率、减少盲区，尤其适用于CDR区域

 

2、高分辨率质谱采集

• 平台：LC-MS/MS系统，支持HCD、ETD等碎裂方式

• 关键指标：质量准确度（<1 ppm）、分辨率、动态范围

• 效果：可解析低丰度肽段及翻译后修饰，确保序列准确性

 

3、De novo反演与数据库比对结合

• De novo测序：适用于未知抗体序列，通过碎片离子图谱重建肽段

• 数据库匹配：提高框架区识别置信度

• 结合优势：保障新序列识别能力，同时控制错误识别率

 

4、全长序列拼接与结构建构

• 拼接依据：肽段重叠、酶切位点逻辑、一致性检查

• 辅助建构：参考IgG结构模板识别框架区与CDR区界限

• 交叉验证：必要时结合转录组或外部表达数据提高可靠性

 

三、质量控制标准

为了确保抗体测序结果具备科研和工程应用价值，应关注以下质量指标：

• 序列覆盖率：全链应 >95%，CDR区全覆盖

• 拼接一致性：多酶数据交叉验证，消除歧义肽段

• CDR识别精度：精确定位CDR1~CDR3，支持结构建模

• 完整性报告：包括酶解图谱、拼接图示、原始质谱数据及FASTA格式输出

 

四、抗体测序的典型应用场景

1、抗体药物研发

掌握全长抗体序列是亲和力成熟、人源化改造、稳定性增强等工程操作的前提。

 

2、杂交瘤抗体重组表达

对失活或不可扩增的杂交瘤细胞进行抗体测序，可实现重组表达，提高生产一致性。

 

3、生物类似物开发

通过测序获得参考抗体序列，有助于功能复现与结构优化，推动仿制药开发。

 

4、专利注册与知识产权保护

测序数据作为原始技术资料，支持抗体专利撰写、注册备案及技术交底。

 

5、学术研究与发表需求

对已有抗体产品进行测序，有助于文献中数据的可复现性与方法透明性。

 

抗体测序作为连接抗体发现与工程改造的关键桥梁，其准确性直接影响科研效率与产业转化成功率。通过优化酶解策略、提升质谱性能、强化拼接算法，科研人员能够获取完整可信的抗体序列，为结构分析、功能优化与药物开发提供坚实基础。百泰派克生物科技致力于为生命科学研究者提供高质量、标准化、可验证的抗体测序服务。如您在项目中面临抗体序列缺失、功能区不明或专利支持需求，欢迎随时联系我们，获取专业技术方案与一对一服务支持。

 

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