蛋白纯化，为什么纯化的蛋白大小和预计的不符，预测的大小为107kd，跑胶出来却是60kd？

如果你纯化的蛋白质在SDS-PAGE电泳后显示的分子量远小于预计值（例如，预计为107 kDa但实际显示为60 kDa），可能有几个原因：




1. 蛋白质降解

最常见的解释是蛋白质在提取和纯化过程中部分降解。这通常是由于蛋白酶的活性。确保在蛋白质提取和纯化过程中添加适量的蛋白酶抑制剂，并尽量快速操作。




2. 起始密码子选择错误

在异源表达的情况下，如果构建的表达载体起始密码子选择不当，可能导致翻译从一个不正确的起始密码子开始，从而生成一个截短的蛋白质。




3. RNA降解或不完整转录

如果是由RNA转录而来的，那么RNA的降解或者不完整的转录也可能是原因。




4. 翻译后修饰

某些翻译后修饰可能会导致蛋白质更容易降解或者在SDS-PAGE下表现异常。




5. 特殊的蛋白质结构

非常少数情况下，蛋白质的二级、三级或四级结构可能会在SDS-PAGE下影响其迁移，但这通常不会引起如此大的分子量差异。




6. 实验错误

比如说样品制备错误，导致测得的蛋白质分子量不准确。




解决办法：




1.质谱分析：

对蛋白质样品进行质谱分析，以确定其氨基酸序列，确认是否与预期相符。




2.Western Blot：

使用特异性抗体进行Western blot分析，进一步确认蛋白质的身份。




3.重新设计和验证表达构建：

确保你的表达载体设计正确，并通过DNA测序进行验证。




4.优化纯化条件：

例如，添加蛋白酶抑制剂，降低操作温度等。




5.RNA质量检查：

如果是从RNA转录得来的，检查RNA的质量和完整性。




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