常规样本与石蜡包埋样本全转录组测序，数据质量是否不同？

常规样本（如新鲜冻存的组织或细胞）和石蜡包埋样本（如福尔马林固定石蜡包埋，FFPE）的全转录组测序确实在数据质量上可能存在差异。这些差异主要是由样本处理、保存方法以及RNA的提取和质量等因素造成的。




一、RNA的完整性：




1.常规样本：

通常来自新鲜或快速冻结的组织，其中的RNA更完整，没有经过任何修复或长时间存储导致的降解。因此，从这些样本中获得的转录组数据通常质量更高，更具代表性。




2.FFPE样本：

福尔马林固定过程会导致RNA降解和化学修饰（主要是甲基化），这会影响后续的RNA提取和测序。从FFPE样本中提取的RNA通常是碎片化的，这可能影响测序读长和后续分析。




二、数据的代表性和准确性：




由于RNA的降解，FFPE样本中的转录组数据可能不如常规样本全面和准确。RNA的断裂可能导致覆盖度不均和偏向于3'端的测序结果，从而影响基因表达的定量和转录本的鉴定。




福尔马林引起的化学修饰也可能干扰逆转录和扩增步骤，导致数据偏差。




三、可重复性和一致性：




常规样本通常能提供更高的实验可重复性和数据一致性。




相比之下，FFPE样本的处理和存储条件可能在不同的实验室和不同时间点之间变化较大，从而影响数据的一致性。




尽管存在这些挑战，但FFPE样本在临床研究中极为常见，因为它们允许长时间存储并可回顾历史样本。为了克服FFPE样本的限制，研究人员已开发了专门的预处理方案和分析策略，例如使用更敏感的RNA提取方法、专为碎片化RNA设计的文库制备方法，以及校正测序偏差的生物信息学工具。通过这些方法，即使是质量受损的FFPE样本也可以用于有意义的转录组学研究。




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