如何研究蛋白质相互作用网络?
- 实验方法:使用蛋白质互作实验方法(如Y2H、Co-IP、AP-MS等)进行大规模筛查。
- 公共数据库:利用已有的蛋白质-蛋白质互作数据库(如BioGRID、STRING等)收集数据。
- 整合来自不同来源和实验方法的数据。
- 清洗数据,去除冗余和不可靠的互作信息。
- 使用网络可视化和分析工具(如Cytoscape)构建蛋白质相互作用网络。
- 节点代表蛋白质,边代表蛋白质之间的相互作用。
- 拓扑分析:分析网络的拓扑特性,如度分布、聚类系数等。
- 模块识别:识别网络中的功能模块或亚网络。
- 关键节点识别:识别网络中的中心或关键节点。
- 对网络或子网络进行功能富集分析,确定主要的生物学路径和过程。
- 利用基因本体论(Gene Ontology, GO)或其他数据库进行功能和路径分析。
- 选择网络分析的一些关键发现进行进一步的实验验证。
研究蛋白质相互作用网络主要包括以下几个步骤:
1. 数据收集:
2. 数据整合和清洗:
3. 网络构建:
4. 网络分析:
5. 功能分析:
6. 实验验证:
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