无标记定量蛋白质组学 vs. 标记定量蛋白质组学：如何选择？

在蛋白质组学研究中，“定量”技术的选择决定了实验的分辨率、可靠性与应用广度。面对多样化的样本类型与科研目标，研究人员往往在“无标记定量蛋白质组学（Label-Free）”与“标记定量蛋白质组学（Labeling，如TMT、iTRAQ）”之间难以抉择。这篇文章将从原理、性能、适用场景、成本效益等维度，全面解析两大策略的优势与局限，帮助您科学决策，少走弯路。

 

一、基本原理：定量策略的核心差异

1、无标记定量蛋白质组学（Label-Free Quantification, LFQ）

LFQ不借助任何化学或代谢标签，直接通过质谱信号强度或谱图数量反映肽段丰度。样本单独上机分析，后续通过算法对齐和归一化处理，得到相对表达量。

（1）MS1强度法：基于肽段离子峰面积

（2）谱图计数法：基于MS2识别频次

 

2、标记定量蛋白质组学（Labeling-Based Quantification）

该策略通过为样本打上“分子条形码”，实现样本混合后共上机分析、共离子化、共测定，最大限度减少技术偏差。主流方法包括：

（1）TMT/iTRAQ：异重同位素标签，最多支持16通道样本并行比较

（2）SILAC：在细胞培养阶段引入稳定同位素标记，保证生物学一致性

百泰派克生物科技为不同实验需求提供全套LFQ与TMT定量服务平台，覆盖人、动物、植物、细菌等多样本类型。

 

二、性能对比：谁更精准？谁更高通量？

 



 

三、选择指南：不同科研目标该怎么选？

对于大规模临床样本的蛋白表达筛选，如肿瘤患者组织、血液或体液样本的蛋白质谱分析，推荐优先选择无标记定量蛋白质组学策略。这类研究样本来源广泛、数量庞大，通常需要分批采集与滚动分析。LFQ具备高通量、成本低、样本可自由组合等优势，尤其适合此类探索性研究。

 

如果您的研究聚焦于药物作用机制解析或靶点验证，如细胞系在不同处理条件下的蛋白表达变化比较，建议选择标记定量蛋白质组学TMT或iTRAQ等策略。该方法可在同一次质谱分析中并行检测多个处理组，避免了批次偏差，同时对低丰度蛋白具有更强的检测灵敏度，尤其适合需要高重复性、高精度比较的药理学研究。

 

若目标是探索生物通路或构建调控网络，可根据样本数量灵活选择策略。样本数量较少时，TMT能提供更一致的数据基础；样本量较大或长期积累时，则建议选择LFQ，并结合数据独立采集（DIA）方式，以获取更全面、更可重复的蛋白表达图谱。

 

四、最新趋势：定量蛋白质组学技术融合正在兴起

1、DIA-LFQ：结合DIA全面数据采集与LFQ灵活定量

可显著提升数据完整性与差异蛋白一致性，成为LFQ升级版。

 

2、LFQ+TMT混合策略

部分样本采用TMT标记进行深度分析，剩余样本通过LFQ完成大规模扩展，实现“精+广”的双重优势。

 

3、多组学集成分析（Proteomics + Transcriptomics）

无论LFQ还是TMT，最终目标是结合多维数据，深入理解生物系统运行机制。

 

百泰派克生物科技：为您做出“对的选择”保驾护航

我们为科研客户提供全面的定量蛋白组学技术解决方案，包括：

• LFQ、TMT、DIA等全策略平台

• 多类型样本（细胞、血液、组织、外泌体等）兼容

• 丰富的差异分析、通路富集、PPI网络构建经验

• 专业生信团队支持论文发表、课题申报

无论您是初次涉足蛋白质组学，还是正筹备重大科研项目，百泰派克生物科技都将是您可信赖的科研伙伴！无标记定量蛋白质组学与标记定量蛋白质组学各具优势，关键在于项目目标、样本特征、预算资源的综合考量。真正懂技术的科研服务平台，能为您科学“选型”，助力数据可信、结果可靠、成果高效产出。

 

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