蛋白质组学中DDA

根据采集方式的不同，高分辨率质谱仪的原始数据可以分成DDA和DIA两种，DDA（Data-Dependent Acquisition）即数据依赖采集模式，在DDA模式的采集方式中质谱仪先采集一次一级质谱数据，再选择离子强度较强的肽段母离子进入二级质谱继续进行碎裂得到二级质谱图。DIA（Data-Independent Acquisition）数据非依赖采集模式，即质谱分析中一级质谱数据采集之后，无区别的将肽段母离子进行二级质谱碎裂得到质谱数据，理论上能够全面的获取所有离子的碎片信息。

通常在基于质谱检测的蛋白质高通量分析中，DDA基于鸟枪法（Shotgun）的原理广泛应用于无标记定量蛋白质组学分析。通常生物样品中蛋白质复杂程度极高，质谱仪很难对全部的二级质谱数据进行全面采集，可选择DDA采集模式在每一个检测循环中有限采集离子信号较强的肽段进行分析鉴定，且选择性的质谱信号检测可得到高分辨率和质量的质谱数据。

同时，DDA也有一定的局限性，其对于低强度的信号无法有效采集，限制了检测的灵敏度；且在质谱检测中所检测到的离子信号强度是一个相对的概念，不同样品甚至不同批次的上机不可避免地产生一定的随机性和误差。因此，DDA不能用于大规模、重复性样本蛋白质组学分析，只能适用于小规模样本的质谱数据采集。

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