鸟枪法蛋白质测序

蛋白质测序就是对蛋白质的一级结构即组成蛋白质的氨基酸序列进行测定，蛋白质的一级结构在很大程度上决定了其高级结构和生物学功能。目前，常用的蛋白质序列分析方法主要有末端测序法（Edman降解法和羧肽酶法等）和基于质谱的方法。鸟枪法（Shotgun）蛋白质测序就是一种基于质谱的测序方法，其利用自下而上的质谱分析策略，将蛋白质多重水解成小分子肽段，再对经高效液相色谱分离的肽段进行质谱鉴定，根据肽段的质谱信息获取肽段的氨基酸组成和排列顺序，然后将各肽段拼接成完整的蛋白质便可以得到完整样品蛋白的氨基酸组成和排列顺序。

从未知蛋白质（如抗体或来自未测序基因组生物体的蛋白质）的串联质谱（MS/MS）数据进行全长测序仍然是一个具有挑战性的问题，设计用于单独对每个MS/MS进行测序的传统算法受到肽片段化不完全或低信噪比的限制。鸟枪法蛋白测序旨在首先通过从相同的肽（重叠群）中发现一组未识别的光谱，然后为每组组装的光谱（重叠群序列）推导出一致的从头序列来改善这些局限性。但是，尽管鸟枪法蛋白测序能够比从单个MS/MS光谱中恢复的时间更准确地重建从头序列，但它仍然需要与同源蛋白质的容错匹配，以将较小的重叠群序列分组为全长蛋白质序列，从而限制了其对注释不良蛋白质序列的有效性。

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相关服务：Shotgun鸟枪法蛋白质鉴定
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