DDA和PRM

DDA（Data Dependent Acquisition）和PRM（Parallel Reaction Monitoring）是两种不同的质谱数据采集模式。DDA数据依赖采集模式主要用于非靶向蛋白质组学的研究，PRM平行反应监测则多用于靶向蛋白质组学的研究。

DDA采集模式在非靶向蛋白质定量研究中应用广泛，常见的蛋白质定量技术如Label Free、iTRAQ、TMT和SILAC等都是基于DDA采集模式的质谱分析技术。DDA依赖于预先设定的母离子筛选条件选择合适的母离子进行二级质谱分析，这种筛选条件下，一些有价值的但不满足目标筛选条件的离子便不能被选择进行碎裂检测，这就会导致数据利用度低，分析不全面。

PRM是一种基于高分辨率和高精度质谱的研究靶向蛋白质的数据采集技术。其技术原理与MRM类似，但PRM多用于对蛋白质和多肽进行绝对定量，通过高分辨、高精度质谱仪（一般为Q-Orbitrap）对目标蛋白质或修饰肽段进行选择性的检测，所有的碎片离子经过质量分析器生成二级质谱图，通过提取其中的碎片离子信息即可实现目标蛋白质或肽段的精准绝对定量，是研究蛋白质靶向定量的有力工具。

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