互作蛋白组质谱结果分析

    蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)几乎参与所有的的生物学过程,研究PPI是解析相互作用蛋白的作用机制及其生理功能的基础,互作蛋白组也是目前蛋白质组学研究的重要内容。目前为止,基于质谱(MS)技术的互作蛋白组分析已经成为鉴定PPI的重要技术,其中以亲和纯化结合质谱分析(AP-MS)是目前应用最广泛的互作蛋白组研究方法。

     

    互作蛋白组经过质谱检测和分析后,基于质谱检测分析得到的蛋白定量矩阵,通过实验组和对照组的蛋白定量差异,过滤背景蛋白和非特异性。在目前的AP-MS质谱结果分析中,主要以蛋白的非标记定量信号强度(LFQ intensity)为指标,比较实验组和对照组蛋白定量差异,以较对照组中筛选出LFQ intensity显著较高的蛋白作为高置信度靶标蛋白的互作蛋白。目前AP-MS质谱结果分析中显著差异蛋白的筛选标准较常规蛋白质组学通常较高,以差异倍数>10,P value<0.01作为相互作用蛋白的筛选标准。

     

    百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion质谱平台,Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC,提供蛋白质互作分析服务,及后续基于液质联用技术(LC-MS/MS)对IP、Co-IP样品及GST融合蛋白Pull-down等纯化样本中的蛋白/蛋白混合物的质谱鉴定分析服务。您只需告知我们您的实验目的并寄出样品,我们将负责项目后续所有事宜,包括细胞培养、细胞标记、蛋白提取、抗体IP、效率检测、蛋白酶切、肽段分离、质谱分析、质谱原始数据分析、生物信息学分析。

     

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