IP质谱结果分析

免疫沉淀（IP）是研究蛋白质相互作用的一种经典技术，而免疫沉淀串联质谱分析（IP-MS）是目前应用最广泛的蛋白相互作用研究方法之一。在对IP样品进行质谱检测之后，需要进行IP质谱结果分析才能得出最终的结论。在目前的IP-MS处理中，常以蛋白的非标记定量信号强度（LFQ intensity）为指标对蛋白质进行定量分析，可通过选择更高的差异蛋白筛选阈值的设定来对实验组与对照组间蛋白定量差异进行分析。

在IP-MS结果分析中，Fold Change和Intensity是两项很关键的指标。Fold Change即IP实验组和对照组间的蛋白定量差异倍数。Intensity表示IP样品中蛋白的检测信号，间接反映了蛋白的相对丰度。通常Fold Change和实验组中Intensity数值较大且相对排名靠前的蛋白作为重点研究蛋白。

若结果中蛋白的Fold Change和Intensity明显低于靶蛋白的Fold Change和Intensity则说明实验结果正常，若两项指标高于靶蛋白数值，则需考虑非特异性结合。在后期的结果分析中，通常需要结合Pubmed、UniProt、STRING等数据库来辅助分析。

百泰派克生物科技结合MALDI-TOF质谱系统与LC-MS/MS质谱系统，提供专业准确的蛋白胶点、胶条以及IP样品，CO-IP样品蛋白鉴定服务。可鉴定的样品包括但不限于：1D-SDS PAGE分离的蛋白胶条，2DE PAGE中的蛋白胶点，蛋白表达产物，免疫共沉淀（Co-IP）样品。只需要将您的实验目的告诉我们并寄送样品，百泰派克生物科技将会负责完成样品处理、上机分析、数据分析、项目报告等项目后续服务。